W dniach 11-15 kwietnia 2016 r. na podstawie upoważnienia Ministra Środowiska nr 9/2016 z dnia 5 kwietnia 2016 r. została przeprowadzona kontrola planowa w Pienińskim Parku Narodowym w zakresie:
- kontroli realizacji zadań Parku w zakresie wykonywania rocznych zadań rzeczowych wynikających z planu ochrony oraz udostępniania parku narodowego;
- kontroli funkcjonowania Parku w zakresie gospodarowania mieniem Skarbu Państwa.
Kontrola została przeprowadzona w trybie zwykłym, na podstawie ustawy z dnia 15 lipca 2011 r. o kontroli w administracji rządowej (Dz. U. nr 185, poz. 1092).